김창숙은 광복 후 일제강점기 친일협력단체로 전락했던 성균관의 복원 및 일제 잔재 청산에 성공한다. 1945년 전국유림대회에서는 김창숙을 중앙집행위원장으로 추대해 유림 단체를 통합하고
유교계를 혁신했다. 1946년 6월에 열린 전국유림대회에서 성균관의 명칭을 환원하고 유도회를 교화사업 기구로 설치하였고, 김창숙은 성균관장·유도회 총본부 위원장으로 선출되었다.

또, 김창숙·정인보 등 22인으로 구성된 성균관대학설립기성회는 9월 25일 유학 정신을 건학 이념으로 하는 성균관 대학을 설립하고 철정과(哲政科)와 경사과(經史科) 2개 과를 설치하였으며,
김창숙이 초대 학장이 되었다. 한국전쟁 중이던 1953년 부산에서 성균관대학은 전국에 흩어져 있던 향교 재단을 통합하여 종합대학으로 승격되었으며, 김창숙은 초대 총장에 취임하였다.

“우리나라 청년 학도의 기백이 없음을 한탄한다. 제군들이 만약 청년다운 정열과 순진성을 가졌다면 절연(截然)히 정사(正邪)를 판단하여 사(邪)를 물리치고 정의를 바로 잡으려는 기개와 용기가
마땅히 있어야 할 것이 아닌가? 이와 같은 정의감은 청년의 청년다운 소이(所以)이며, 개(個)의 발전과 전체의 복지를 위한 불가결의 원동력이라 하겠다.”